Vilniaus universitete veikia darbuotojų profesinės sąjungos, kurių tikslai:

• atstovauti darbuotojams ir ginti jų profesines darbo, ekonomines, socialines teises ir teisėtus interesus individualiuose darbo santykiuose;
• padėti savo nariams tinkamai apginti savo pažeistas teises;
• skatinti socialinę partnerystę su kitu socialiniu partneriu-darbdaviu;
• prieinamomis priemonėmis prisidėti prie socialinės apsaugos ir darbo sistemos tobulinimo.

Profesinės sąjungos:

1. VU profesinė sąjunga:

• Profesinės sąjungos – juridiniai asmenys, t. y. VU Biblioteka, VU Kauno humanitarinis fakultetas (KHF), VU Teorinės fizikos ir astronomijos institutas (TFAI); 
• Struktūrinis padalinys – VU Istorijos fakultetas (IF).

VU profesinė sąjunga yra Lietuvos aukštųjų mokyklų profesinių sąjungų susivienijimo narė ir Lietuvos švietimo profesinės sąjungos narė.

2. VU neakademinio personalo profesinė sąjunga (PROFSA).