Vilniaus universitete veikia darbuotojų profesinės sąjungos, kurių tikslai:
- atstovauti darbuotojams ir ginti jų profesines darbo, ekonomines, socialines teises ir teisėtus interesus individualiuose darbo santykiuose;
- padėti savo nariams tinkamai apginti savo pažeistas teises;
- skatinti socialinę partnerystę su kitu socialiniu partneriu-darbdaviu;
- prieinamomis priemonėmis prisidėti prie socialinės apsaugos ir darbo sistemos tobulinimo.
Profesinės sąjungos:
1. VU profesinė sąjunga:
- Profesinės sąjungos – juridiniai asmenys, t. y. VU Biblioteka, VU Kauno humanitarinis fakultetas (KHF), VU Teorinės fizikos ir astronomijos institutas (TFAI);
- Struktūrinis padalinys – VU Istorijos fakultetas (IF).
VU profesinė sąjunga yra Lietuvos aukštųjų mokyklų profesinių sąjungų susivienijimo narė ir Lietuvos švietimo profesinės sąjungos narė.
2. VU neakademinio personalo profesinė sąjunga (PROFSA).